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蛋白質組學相關問題與解答(一)

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發表時間:2018-08-25 14:47作者:武漢新啟迪Xinqidi來源:http://www.donghu8.com

1.為什么通過elisa、WB能檢測到的蛋白在itraq實驗中沒有檢測到?

     人血漿中的蛋白是有上萬種的,而一般質譜只能檢測到五六百種,也就是說只占了其中的百分之幾,這是普遍現象,說明咱們的方法是不存在問題的;其次,ELISA/WB與質譜相對來說靈敏度不一樣,前者具有放大效應,因為其間會用到相應的抗體,所以只要選對抗體,感興趣的蛋白基本都會被檢測到;因此, ELISA/WB檢測到的蛋白在組學中沒有被檢測到也是正常的。


2.itraq的結果,用elisa驗證了兩個差異蛋白,發現都是陰性結果,是什么情況,出現陰性的概率有多大?一般我們會提到這個概率嗎?

     iTRAQ結果中,選擇的蛋白是否得分夠高,變化倍數大不大,選擇的抗體特異性是否好,都可能會影響WB和iTRAQ的結果,如果以上三方面沒有什么問題的話,基本上80%還是方向一致的。


3.iTRAQ、TMT、Labe lfree實驗用的是什么質譜儀,其定量是基于一級質譜還是二級質譜?

      基于LC-MSMS的實驗技術主要使用的是ABI5600-Triple-TOF,同時公司也具有Thermo Q-Exactive質譜儀平臺,部分實驗項目使用的是QE-Exactive完成。其中標記定量技術iTRAQ和TMT是依據二級質譜的報告基團離子峰進行定量,而Labe lfree是基于一級質譜峰進行定量。


4.蛋白組學實驗文章一般發表在哪些期刊上,各有什么區別?

MCP(molecular & cellular proteomics(影響因子7分左右)

JPR(journal of proteome research(影響因子5分左右)

Proteomics(影響因子4分左右)

Journal of Prteomics(影響因子4分左右),

Electrophoresis(影響因子4分左右),

Plos One(影響因子3分左右),

其它的雜志還包括BMC Genomics, Expert Rev Proteomics, BMC Syst Biol, OMICS, Proteomics Clin Appl, Proteome Sci


5.有兩個Mix混樣,在計算差異表達蛋白時如何使用?

     計算差異表達蛋白時,將WT組(113、114、115)與Mix1(119)和Mix2(121)的比值取平均值,APO1組(116、117、118)與Mix1(119)和Mix2(121)的比值取平均值,平均值再進行差異篩選。


6.生物學重復和技術重復的區別?

      生物學重復是指不同生物個體或者不同生物群體的樣品之間進行地相同處理而進行的實驗,而技術重復是指同一樣品進行的多次相同實驗。舉例:對來自三只健康小鼠A、B、C的血清樣品分別各進行一次雙向電泳,這三次雙向電泳就是生物學重復;而取其中一只小鼠的血清樣品進行三次雙向電泳,或者將三只小鼠的血清混合后的樣品進行三次雙向電泳,這三次實驗就是技術重復??偨Y生物學重復的樣品來自不同的個體或者是群體,重復之間樣品不同;而技術重復的幾次實驗的樣品完全相同,可以來自單一個體,也可以是多個個體的混合樣品,但用于重復實驗的樣品完全一樣。


7.結果報告中怎么沒有差異多肽的定量?

      多肽組質譜數據進行搜庫匹配后的結果會進行歸一化整理并尋找差異多肽,所以說差異多肽的定量結果是有的,且以Excel發給客戶,報告中一般會提及差異多肽的個數,具體的定量信息如果客戶有需求也是可以添加的。


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